中心实行二级（校、院）四方（淮阴工学院、清江浦区政府、淮安市大学科技园、淮安区政府）共同管理，在学校领导和上级主管部门的指导下，成立“设计艺术实践教育中心管理委员会”，研究、处理中心在建设和开放过程中的重大事项。中心管理委员会由淮阴工学院设计艺术学院、淮安市大学科技园（国家级）、淮安区等单位部门人员共同组成，实行管理委员会领导下的“中心主任负责制”。中心主任由设计学院院长兼任，下设副主任、秘书，实验分室主任，负责实验中心的全面工作。中心也已形成“中心主任+中心副主任+秘书+实验分室主任+实践教育师资团队（学校教师+实验技术人员+企业兼职导师）”的完整管理体系。

并制定了《淮阴工学院校级实验教学与实践教育中心建设管理办法》、《淮阴工学院设计艺术实践教育中心建设管理办法》、《淮阴工学院设计艺术实践教育中心实验室工作考核办法》、《关于进一步加强淮阴工学院设计艺术实践教育中心实验技术队伍建设的若干意见》、《淮阴工学院设计艺术实践教育中心实验室工作人员管理条例》、《淮阴工学院设计艺术实践教育中心工作室领导小组》、《淮阴工学院设计艺术实践教育中心工作室的职责与任务》、《淮阴工学院设计艺术实践教育中心卓越工程师教育培养计划校企合作管理规定》等规章制度，对中心建设、管理、考核等做出详尽规定。